Akt lokacyjny wsi Łopuszna wydany został 28 sierpnia 1363 roku. Łopuszna była wtedy królewską wsią graniczną między Polską a Węgrami. Od 1620 do 1680 roku była w posiadaniu Przyłęckich, a następnie w latach 1728 – 1752 właścicielem był Jan herbu Lisic spod Pawłowic. Potem wieś przechodzi w ręce jego potomka Romualda z Lisic, konfederata barskiego uważanego za fundatora dworu w Łopusznej pod koniec XVIII wieku.

Obecny kościół, najprawdopodobniej drugi z kolei, wzniesiony został na przełomie XV i XVI wieku na nieznacznym wzniesieniu – kępie odciętej potokiem. W 1504 roku konsekrował go sufragan krakowski Jan, nadając wezwanie św. Trójcy, Narodzenia Niepokalanej Panny Maryi, św. Stanisława Biskupa męczennika oraz św. Antoniego Opata.

Plan kościoła jest analogiczny do dębniańskiego. Pierwotne rozwiązania konstrukcyjne – z zastosowaniem uproszczonego systemu więźbowo-zaskrzynieniowego – są analogiczne. Kościół w Łopusznej był wielokrotnie remontowany, co przyczyniło się do występowania różnic , rzutujących na proporcje i sylwetkę bryły, jakby smuklejszej.

Stan kościoła, zapewne bliski pierwotnemu,  opisuje protokół z roku 1608: Kościół w całości drewniany, pokryty gontami, posiadał pośrodku wieżyczkę z sygnaturką. Była też duża dzwonnica z dwoma dzwonami przylegająca do kościoła. Wejścia były dwa, ściany wewnętrzne bielone, stropy zaś, chór i ambona – polichromowane. W kościele były trzy ołtarze. W okresie baroku wiele zmian wprowadzono przede wszystkim w wystroju wnętrza. W ciągu XVII i XVIII wieku niemal zupełnie zatarto gotycki charakter wnętrza, pokrywając lub usuwając starsze malowidła i wprowadzając ołtarze i sprzęty odpowiadające nowej modzie.

Wnętrze kościoła nie posiada dziś jednolitego charakteru: jest to efekt wywołany nieco przeciwstawnymi tendencjami konserwatorsko – artystycznymi: swoistą regotyzacją i tradycją baroku. Gotycki charakter nadaje wnętrzu przede wszystkim wspaniały, choć wymiarami skromny tryptyk w ołtarzu głównym, który w polu środkowym mieści scenę koronacji Najświętszej Panny Marii przez Trójcę Świętą. Obraz powstał jeszcze przed 1460 rokiem. Jest przepięknym przykładem malarstwa szkoły krakowsko – sądeckiej.

Pozostałości baroku w kościele to przede wszystkim dwa ołtarze boczne, zrekonstruowana belka tęczowa, resztki starych malowideł na parapecie chóru oraz luźne rzeźby świętych ustawione na półce ponad wejściem w dzwonnicy. Na początku XVII wieku w ołtarzu głównym znajdowało się gotyckie retabulum, prawdopodobnie w kształcie tryptyku, w którego środku miał mieścić się posąg św. Antoniego. W kilkadziesiąt lat później ustąpiło ono miejsca ołtarzowi barokowemu o strukturze architektonicznej i bogatej dekoracji snycerskiej. Ołtarz ten został zniesiony w 1935 roku, a jego miejsce zajął gotycki tryptyk zawieszony poprzednio na bocznej ścianie. Główna bramka w ogrodzeniu kościoła, wzniesiona w okresie międzywojennym, posiada formę nawiązującą do stylu zakopiańskiego, z kapliczką w zwieńczeniu mieszczącą figurkę św. Michała Archanioła.

Poważniejszy cykl robót remontowych miał miejsce w okresie międzywojennym. W 1934 roku wielka powódź zdewastowała ogrodzenie i teren wokół kościoła. Wnętrze kościoła zostało zalane do wysokości pół metra i zaniesione mułem. Konieczna była wymiana podłóg oraz przebudowa podmurówki i podwalin. W latach wojny oraz w późniejszym czasie w kościele nie przeprowadzono większych prac remontowych.

W latach 1995 – 1997 dzięki ofiarności wiernych przystąpiono do renowacji postmodernistycznej polichromii wnętrza kościoła oraz opracowano nową oprawę plastyczną zabytkowego tryptyku wraz z ołtarzem soborowym i pulpitem. Niestety gwałtowna powódź roku 1997 spowodowała wielkie zniszczenia w nowo odrestaurowanym kościele i na terenie przyległym.

W roku 1997, po powodzi, rozpoczęto generalny remont kościoła. Konieczna stała się wymiana zamokłych podwalin i podłogi, ponowny remont podmurówki oraz odbudowa zniszczonego ogrodzenia. Wykonano dalsze prace związane z rekonstrukcją i odnowieniem polichromii oraz bocznych ołtarzy. Powstała nowa aranżacja wystroju głównego ołtarza. W roku 2003 wykonano (finansowane z funduszy europejskich) zabezpieczenie przeciwpowodziowe w formie betonowo – kamiennych ścian oporowych otaczających kościół. Nastąpiła zmiana końcowego nurtu Czerwonki oraz części ogrodzenia okalającego kościół. W tym samym roku, w wyniku przeprowadzonej kontroli technicznej kościoła, stwierdzono konieczność remontu dachu z wymianą pokrycia, wymianę sygnaturki oraz wzmocnienie konstrukcji drewnianej kościoła i wieży dzwonniczej. Prace te wykonano w roku 2005.